斯图尔特已经完美融入了利特尔家庭。但他最好的朋友，小鸟玛格罗，却因为季节变化要跟随家族南飞，这让斯图尔特非常失落。玛格罗在迁徙途中被一只阴险的猎鹰法尔考欺骗并绑架，法尔考想要强迫玛格罗成为自己的助手。斯图尔特得知后，毫不犹豫地独自驾驶着他的玩具小飞机，开始了营救行动。在旅途中，他遇到了一只被主人遗弃的流浪猫，不打不相识后，猫咪被他感动并加入了救援队。经过一系列在城市高楼、中央公园的追逐战后，斯图尔特凭借自己的机智和勇气，最终打败了法尔考，救出了玛格罗，也让她明白了什么是真正的友谊。最终，玛格罗没有南飞，因为她已经找到了属于自己的家。
保持了第一部温馨、有趣、充满想象力的特点。斯图尔特的勇敢和善良依然动人，新加入的猎鹰反派也颇具魅力。真人与CG的结合技术比第一部更加成熟，冒险场面更加刺激，是一部非常适合全家观看的合家欢电影。
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