东京湾发生大规模爆炸，一个前所未见的巨大不明生物从海底现身，在经历了形态诡异的四次进化后，成为了象征纯粹破坏的“哥斯拉”。面对这场前所未有的浩劫，日本政府内部的官僚主义、推诿扯皮和冗长的决策流程暴露无遗。在混乱中，以年轻内阁官房副长官为首的一群少壮派官员，试图打破僵局，利用仅存的时间制定出一套并非依靠纯粹武力，而是结合科学、战术与信息的“人类最终作战计划”。影片以近乎冷酷的纪实手法，展现了灾难之下政治机器的运转逻辑，以及人类在绝对力量面前渺小却又决绝的挣扎。
这是一部反传统的怪兽电影，更像是政治惊悚片。庵野秀明将大量对日本社会（尤其是311 大地震后政府应对）的辛辣讽刺塞入其中。哥斯拉的进化过程和“静止战术”极具想象力，结尾更是留下了一丝诡谲与不安。这是一封给特摄片的疯狂情书，也是写给现实世界的一记沉重耳光。
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